Talleres UPWELL/SECOS: ciencia abierta, análisis datos e investigación reproducible
Bienvenidxs a la website del taller sobre manejo de datos de los
Núcleos Milenios UPWELL & SECOS.
Espero que lo disfruten!
Bienvenidxs a la website del taller sobre manejo de datos de los
Núcleos Milenios UPWELL & SECOS.
Espero que lo disfruten!
Gracias por asistir a este curso de uso, manipulación y análisis de bases de datos y meta-datos del proyecto UPWELL
Diseñamos una serie de talleres prácticos para introducir a un grupo diverso de estudiantes y científicos, jóvenes y no tan jóvenes, para utilizar y aprovechar el poder de los repositorios de datos abiertos en línea, junto con las herramientas computacionales y analíticas necesarias para ello.
(11 de Agosto, UCSC Concepción presencial para estudiantes de postgrado, número de cupos=12)
Responsable carlos.lara@ucsc.cl
Profesor Álvaro Paredes Lizama
Objetivo: permitir que lxs estudiantes puedan conectar su instalación de R con Google Earth Engine (GEE), para descargar y visualizar imágenes de interés.
Target group: Estudiantes, investigadorxs y público en general que desee realizar análisis en percepción remota usando Google Earth Engine desde R.
Target Datasets: No tiene
Requisites: R/Rstudio, Conda, una cuenta de Google Earth Engine activada. Nociones basicas de R.
Profesor Carlos Lara
Objetivo: permitir que lxs estudiantes puedan realizar análisis básicos sobre imágenes, tales como gráficos y visualizaciones, índices y transformaciones lineales, uso de kernels sobre la imagen, y automatización de procesos.
Target group: estudiantes, investigadorxs y público en general que desee realizar análisis en percepción remota usando Google Earth Engine desde R.
Extracción de datos desde la imagen.
Gráficos de línea/puntos sobre la imagen (series de tiempo).
Carga y uso de información vectorial sobre archivos raster.
Generación de índices espectrales.
Aplicación de diferentes kernels sobre la imagen.
Automatización básica del flujo de trabajo.
Target Datasets: No tiene
Requisitos: Rstudio y GEE conectado.
(12 Agosto. UCSC Concepción presencial para estudiantes de postgrado, número de cupos=15)
Objetivo: entregar a lxs investigadorxs y estudiantes herramientas para que comprendan, adopten y utilicen la versatilidad de las bases de datos abiertas distribuidas globalmente en Arqueología, Paleoecología, Paleoclimatología y Ecología.
Target group: a toda la comunidad vinculada al núcleo milenio UPWELL, particularmente estudiantes jóvenes y investigadores de carrera temprana (ECR)
Objetivo: introducir a un grupo diverso de estudiantes y ECR en el uso de los repositorios de datos abiertos en investigación centrada en las bases de datos arqueológicas, paleocológicas, paleoclimatológicas y ecológicas.
Target group: a toda la comunidad vinculada al núcleo milenio UPWELL, particularmente estudiantes jóvenes, estudiantes de magíster de los programas nacionales de Ciencias Marinas, Ecología y Arqueología
Utilizando bases de datos en línea
Buscar, descubrir y descargar bases de datos en línea
Diagramas y análisis básicos, y no tan básicos, usando R, Matlab, Python
Target Datasets: El UPWELL GitHub + Conjuntos de datos disponibles públicamente de interés para los participantes relacionadas a las temáticas del núcleo.
Requisitos: R, Rstudio, Python y Git instalados.
(Por definir)
Objetivo: presentar los conjuntos de datos de Upwell y nuestros avances preliminares a una audiencia nacional e internacional. Incluye conferencias de clase mundial sobre el uso de flujos de datos interdisciplinarios para la investigación científica para comprender la co-evolución entre los sistemas sociales y biofísicos, particularmente en las regiones de surgencias marinas, junto con sus impactos locales y duraderos.
Target group: la comunidad de UPWELL junto con los principales investigadores de otros centros nacionales e internacionales (People3000, Neotoma, Hope project, Archaeoglobe, Marum)
Focus Group sobre bases de datos en línea: pasado, presente y futuro
Comunidades de base de datos emergentes en línea y síntesis.
Scripts avanzados y análisis
Target Datasets: El UPWELL GitHub + Conjuntos de datos disponibles públicamente de interés para los participantes relacionadas a las temáticas del núcleo.
Requisitos: conocimientos sobre R, Rstudio, Python y Git.
Configure su computadora portátil con lo siguiente:
R packages
install.packages(c("tidyverse","devtools", "tinytex", "rmarkdown", "usethis", "here", "neotoma"))Una vez que tinytex está instalado, utilícelo para instalar una instalación mínima de LaTeX:
tinytex::install_tinytex()Algunos de estos paquetes son grandes, por lo que es mejor instalarlos antes del curso. Si tiene algún problema de instalación, hable con nosotrxs antes del curso o durante la próxima pausa para el café.
Nos vemos en los talleres!!,
Matías F-Á
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